Hi ha tres mètodes de programació de màquines eina CNC: programació manual, programació automàtica i centre de mecanitzat CAD/CAM.
Programació a mà
L'anàlisi manual del dibuix de peces, el processament del procés, el càlcul numèric, l'escriptura de la llista de programes i l'entrada i inspecció del programa es completen manualment. És adequat per a mecanitzats puntuals o peces amb geometries menys complexes, però és molt llarg i propens a errors en la compilació de peces complexes.
Programació automàtica
El procés d'utilitzar un ordinador o una màquina de programació per completar la preparació de programes de peces és molt convenient per a peces complexes.
CAD/CAM
El programari CAD/CAM s'utilitza per realitzar la programació automàtica de modelatge i imatges. El programari més típic és Master CAM, que pot completar la programació de fresat 2, 3, 4 i 5, tornejat, electroerosió amb fil, encara que aquest tipus de programari té una única funció, és fàcil d'aprendre i econòmic.